Il y a huit ans, Citadelle tombait. L'agence d'espionnage mondiale indépendante - chargée de maintenir la sûreté et la sécurité de tous - a été détruite par des agents de Manticore, un puissant syndicat manipulant le monde dans l'ombre. Avec la chute de Citadelle, les agents d'élite Mason Kane (Richard Madden) et Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas) ont vu leurs souvenirs effacés alors qu'ils s'échappaient de justesse. Ils sont restés cachés depuis, (re)construisant de nouvelles vies sous de nouvelles identités, ignorant leur passé. Jusqu'à une nuit, lorsque Mason est retrouvé par son ancien collègue de Citadelle, Bernard Orlick (Stanley Tucci), qui a désespérément besoin de son aide pour empêcher Manticore d'établir un nouvel ordre mondial.